Dr. Jonas Astrin

Sektionsleiter
Biobank-Kurator

Biobank

Tel: +49 (0)228 9122 357

Fax: +49 (0)228 9122 6357

E-Mail: j.astrin [at] leibniz-lib.de

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Profil

Forschungsinteressen

Biobank -Management, Biospecimen Science, DNA-Konservierung, Zellkultur, DNA-Barcoding, Integrative Taxonomie, Wildtierforensik, LIS (Library and Information Science)

Mitgliedschaften

GGBN - Global Genome Biodiversity Network, ISBER - International Society for Biological and Environmental Repositories, Frozen Ark Consortium, DIN (Deutsches Institut für Normung) (Gremienarbeit), iBOL Science Committee, Animal Biobanking for Conservation Specialist Group at IUCN

Weitere Profile im Netz

https://www.linkedin.com/in/jonas-astrin-b8480233/

Projekte

2022

BGE - Biodiversity Genomics Europe

Das Projekt Biodiversity Genomics Europe (BGE)(link is external) hat das übergeordnete Ziel, die Nutzung der Genomik zu beschleunigen, um das Verständnis der biologischen Vielfalt zu verbessern, Veränderungen in der biologischen Vielfalt zu überwachen und Maßnahmen zur Bekämpfung ihres Rückgangs zu ergreifen.Trotz der bahnbrechenden Entwicklungen sowohl bei der DNA-Barcodierung als auch bei der vollständigen Genomsequenzierung besteht nach wie vor die dringende Notwendigkeit, funktionierende Praxisgemeinschaften auf verschiedenen Ebenen zu entwickeln und zu stärken, um Kapazitäten aufzubauen,

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Biobank, Metabarcoding, Lepidoptera, Hymenoptera, Diptera

Projektleitung:

Astrid Böhne

Finanzierung:

Europäische Union

CellGen

The CellGen project is composed of two main parts. The first part investigates whether cell cultures accumulate mutations with progressive number of passages. One of the advantages of cell culture is to provide best quality of DNA/RNA and metaphases. Hence, we expect that cell culture will experience a renaissance in the light of high throughput sequencing techniques. However, it is still not clear how the number of passages (i.e., the number of times cells are transferred from vessel to vessel) can affect genetic and chromosomal composition.

Abteilung/Sektion:

Biobank, Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Hymenoptera

Projektleitung:

Dr. Camilla Bruno Di Nizo

ERGA - The European Referen...

Die Initiative Europäischer ReferenzGenom Atlas (ERGA) ist eine gesamteuropäische wissenschaftliche Antwort auf die aktuelle Bedrohung der biologischen Vielfalt. Referenzgenome bieten den umfassendsten Einblick in die genetische Grundlage jeder Art und stellen eine wichtige Ressource für das Verständnis der Funktionsweise der biologischen Vielfalt dar. ERGA zielt darauf ab, die Genome aller europäischen Arten zu sequenzieren und wird zu diesem Zweck einen interdisziplinären Arbeitsablauf einrichten.

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Lepidoptera, Diptera, Vergleichende Genomik (Insekten), Biobank

Projektleitung:

Astrid Böhne

Finanzierung:

Europäische Union

2021

Genomic technology for the Caucasus

It is planned to undertake 1) a comprehensive upgrade of researchinfrastructure in the molecular ecology laboratory at ISU, and 2) ajoint research investigation of biodiversity and refugial areas in the Caucasus region. Improvements to research infrastructure will providemodern biotechnology to researchers in the Caucasus region, including next generation sequencing (NGS) and real time PCR.

Abteilung/Sektion:

Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Biobank, Verwaltung

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

2020

CaBOL - Caucasus Barcode of Life

Eine georgisch-armenisch-deutsche Initiative, um Forschungsinfrastrukturen aufzubauen und die kaukasische Biodiversität zu erforschen und zu barcoden

Abteilung/Sektion:

Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Biobank, Abteilung Arthropoda, Biodiversitätsinformatik, Diptera, Verwaltung

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

GBOL III: Dark Taxa

The BMBF-funded GBOL, the German Barcode of Life initiative, has been run successfully over the last eight years. It delivered an operative DNA barcode reference library for German animals, fungi and plants. However, a significant proportion of insect taxa has so far been excluded from GBOL and merely all biodiversity research, because no or only very insufficient expertise and information are available that allow to get a grip on them. They are called “Dark Taxa”.

Abteilung/Sektion:

Hymenoptera, Diptera, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Theriologie, Biobank, Biodiversitätsinformatik, Direktion, Zentrum für Biodiversitätsmonitoring und Naturschutzforschung (zbm), Abteilung Arthropoda, Metabarcoding, Verwaltung, ZFMK Internationale Graduiertenschule, Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (zmb)

Projektleitung:

Dr. Ralph S. Peters

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

2019

FOGS - Forensic Genetics for Species Protection

Im FOGS-Projekt werden DNA-basierte Werkzeuge zur Bekämpfung des illegalen Handels mit geschützten Tierarten entwickelt.

Abteilung/Sektion:

Biobank, Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Experimentelle und Angewandte Ökologie, Biodiversitätsinformatik, Herpetologie, Verwaltung, Bioinformatische Genomik, Abteilung Arthropoda

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

Joint Danube Survey

JDS betreibt das Monitoring von Schlüsselelementen der Wasserqualität (incl. Biodiversität) über die Länge der Donau und ihrer größeren Nebenflüsse.

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

DNA barcoding of benthic invertebrates from Lake Sevan (Armenia)

Aufbau einer Referenzdatenbank von DNA-Barcodes für das Sewansee-Einzugsgebiet.

Abteilung/Sektion:

Biobank, Lepidoptera, Abteilung Arthropoda

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Finanzierung:

Deutscher Akademischer Austauschdienst

SYNTHESYS+ NA3.1

Das SYNTHESYS+ Unterprojekt NA3.1 sammelt bestehende Standards und Best Practices im Umfeld der Umwelt- und Biodiversitätsbiobanken und identifiziert nicht abgedeckte Bereiche.

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Finanzierung:

Europäische Union

2018

ISBER Best Practices: Recommendations for Repositories

Anleitung für das Sammeln, Handling, die Lagerung und Auslieferung von biologischen und Umwelt-Proben

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Cell banking at the LIB Biobank

Die LIB-Biobank archiviert Lebendzell-Material für die Forschung und Ex-situ-Konservierung.

Abteilung/Sektion:

Biobank, Hymenoptera, Vergleichende Genomik (Wirbeltiere)

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

2017

GGBC: Erfassung, Monitoring und Management der Kaukasischen Biodiversität

Eine georgisch-deutsche Initiative, um die kaukasische Biodiversität zu erforschen und zu barcoden

Abteilung/Sektion:

Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Biobank, Abteilung Arthropoda, Coleoptera, Theriologie, Lepidoptera, Herpetologie, Verwaltung, ZFMK Internationale Graduiertenschule, Biodiversitätsinformatik, Metabarcoding, Myriapoda, Arachnida, Personalrat, Diptera, Hymenoptera, Vergleichende Genomik (Insekten)

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

Optimizing and standardizing the preservation of animal tissue for molecular biodiversity research

Zu einem besseren, komparativen Verständnis der Wirkung einiger der häufigsten beim zoologischen Biobanking genutzten Konservierungs-/Fixierungsflüssigkeiten.

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

2014

Bumbuna Phase II

Baseline-Studie & Monitoring vor und nach der Flutung des Bumbuna-Stausees.

Abteilung/Sektion:

Theriologie, Präparation, Ichthyologie, Biobank

Projektleitung:

Dr. Jan Decher

Finanzierung:

Combined Ecology, BTO Services Ltd., UK

ESBB & ISBER Enviro-Bio Working Group

Die Enviro-Bio Arbeitsgruppe ist der Zusammenschluss von Biodiversität-Biobanken innerhalb von ISBER und ESBB, d.h. der internationalen und der europäischen Biobank-Vereinigungen.

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

2012

Frozen Ark Projekt

Netzwerk für Ex-Situ-Konservierung molekularer Biodiversität

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Global Genome Biodiversity Network (GGBN)

Erarbeitung von Standards für den Erhalt molekularer Proben und molekularer Biodiversität.

Abteilung/Sektion:

Biobank, Biodiversitätsinformatik

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

2011

GBOL- German Barcode of Life

German Barcode of Life ( GBOL ) ist ein vom BMBF gefördertes Projekt zur Inventarisierung und genetischen Charakterisierung der Tiere, Pflanzen und Pilze Deutschlands anhand von DNA-Barcodes.

Projektleitung:

Prof. Dr. J. Wolfgang Wägele

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

Molecular Weevil Identification

Aufbau einer DNA-Barcode-Referenzbibliothek der europäischen Rüsselkäferfauna und dazugehöriger molekularer und morphologischer Sammlungen

Abteilung/Sektion:

Biobank, Coleoptera

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

2007

DNA-Bank-Netzwerk

Abteilung/Sektion:

Direktion, Molekularlabor, Biobank, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Lehrstuhl Molekulare Biodiversitätsforschung

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

Integrative Taxonomie an kryptischen Rüsselkäfern

Integrative Taxonomie und DNA-Barcoding bei westpaläarktischen Rüsselkäfern der Unterfamilie Cryptorhynchinae

Abteilung/Sektion:

Biobank

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

Publikationen

Publiziert in

2024

Hein, N., Astrin, J. J., Beckers, N., Giebner, H., Langen, K., Löffler, J., Misof, B. & Fonseca, V. G. (2024). Arthropod diversity in the alpine tundra using metabarcoding: Spatial and temporal differences in alpha‐and beta‐diversity. Ecology and Evolution, 14(2), e10969.

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Links:

https://doi.org/10.1002/ece3.10969

Mercado-Salas, N. F., Oettler, J., Toledano Carrasco, I. A. and Astrin, J. J. (2024). The Christoph Schubart decapod collections. Crustaceana, 97(5-9), 361-382.

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Links:

DOI: 10.1163/15685403-bja10401

Mozer, A., Consul, A., Misof, B., Jäger, R., Olek, K., & Astrin, J. J. (2024). Joint detection of microsatellites and flanking sequences–SNPSTR markers for Athene noctua to fight illegal wildlife trade. Forensic Science International: Animals and Environments, 100084.

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Links:

https://doi.org/10.1016/j.fsiae.2024.100084

Joint detection of microsatellites and flanking sequences – SNPSTR markers for Athene noctua to fight illegal wildlife trade, Forensic Science International: Animals and Environments,Volume 5,2024, 100084, ISSN 2666-9374, https://doi.org/10.1016/j.fsiae.2024.100084. (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666937424000040)

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2023

Brasseur, M. V., Astrin, J. J., Geiger, M. F., & Mayer, C. (2023): MitoGeneExtractor: Efficient extraction of mitochondrial genes from next-generation sequencing libraries.- Methods in Ecology and Evolution, 00, 1–8. https://doi.org/10.1111/2041-210X.14075.

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Corrales, C., Astrin, J.J. (eds.) (2023): Biodiversity Biobanking – a Handbook on Protocols and Practices. - Pensoft (Sofia). 271 pp.

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Links:

https://doi.org/10.3897/ab.e101876

Corrales, C., Luciano, S., Astrin, J.J. (2023) Biodiversity biobanks: a landscape analysis. - ARPHA Preprints, 4, e103105.

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Links:

https://doi.org/10.3897/arphapreprints.e103105

Dallakyan, M., Lipinskaya, T., Asatryan, V., Golovenchik, V., Thormann, J., von der Mark, L., Astrin, J.J. (2023) Revealing Diversity in Gammarus (Amphipoda: Gammaridae) in the Freshwater Ecosystems of Armenia Using DNA Barcoding. - Water, 15, 3490.

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Links:

https://doi.org/10.3390/w15193490

Huber, B.A., Meng, G., Dupérré, N., Astrin, J.J., Herrera, M. (2023): Andean giants: Priscula spiders from Ecuador, with notes on species groups and egg-sac troglomorphism (Araneae: Pholcidae). - European Journal of Taxonomy, 909, 1-63.

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Links:

https://doi.org/10.5852/ejt.2023.909.2351

Schütte, A., Stüben, P.E., Astrin, J.J. (2023) Molecular Weevil Identification Project: A thoroughly curated barcode release of 1300 Western Palearctic weevil species (Coleoptera, Curculionoidea). - Biodiversity Data Journal, 11, e96438.

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Links:

https://doi.org/10.3897/BDJ.11.e96438

Snapes, E., Astrin, J.J., Bertheussen Krüger, N., Grossman, G.H., Hendrickson, E., Miller, N. and Seiler, C. (2023): Updating International Society for Biological and Environmental Repositories Best Practices, Fifth Edition: A New Process for Relevance in an Evolving Landscape. - Biopreservation and Biobanking, 21, 537-546.

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Links:

https://doi.org/10.1089/bio.2023.0140

Snapes, E., Astrin, J.J., Grossman, G., Bertheussen Krüger, N., Hendrickson, E., Miller, N., Seiler, C. (eds.) (2023): ISBER Best Practices: Recommendations for Repositories. Online resource (200 pages), PDF available from ISBER website: https://www.isber.org/page/BPR

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Links:

ISBER Best Practices, 5th Ed. (2023)

2022

Huber, B.A., Meng, G., Acurio, A.E., Astrin, J.J., Inclán, D.J., Izquierdo, M. and Valdez-Mondragón, A. (2022): Metagonia spiders of Galápagos: blind cave-dwellers and their epigean relatives (Araneae, Pholcidae). - Invertebrate Systematics 36, 647-678.

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Links:

https://doi.org/10.1071/IS21082

Wegewitz, V., Muster, C., & Astrin, J. J. (2022). Infection with mermithid nematodes causes the depriesteri morphology in Philodromus collinus (Araneae: Philodromidae). - Arachnologische Mitteilungen: Arachnology Letters, 64(1), 25-28.

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Links:

https://doi.org/10.30963/aramit6403

Zizka, V.M.A., Koschorreck, J., Khan, C.C., Astrin, J.J. (2022): Long-term archival of environmental samples empowers biodiversity monitoring and ecological research. - Environmental Sciences Europe 34, 40.

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Links:

https://doi.org/10.1186/s12302-022-00618-y

2021

Mengual, X., Gimnich, F., Petersen, H., Astrin, J. J. (2021): Natural history wet collections: observations on pH readings from the use of different ethanol and label types. - Collection Forum (2019) 33 (1): 7-17.

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Muster, C., Spelda, J., Rulik, B., Thormann, J., von der Mark, L., Astrin, J.J. (2021): The dark side of pseudoscorpion diversity: The German Barcode of Life campaign reveals high levels of undocumented diversity in European false scorpions. - Ecology and Evolution 11, 13815–13829.

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Links:

https://doi.org/10.1002/ece3.8088

Stüben, P.E., Schütte, A., Astrin, J.J. (2021): Barcoding and interspecific relationships of Macaronesian Weevils (Coleoptera: Curculionoidea). - Contributions to Entomology 71, 127–135.

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Links:

https://doi.org/10.21248/contrib.entomol.71.1.127-135

Weigand, A.M. and Astrin, J.J. (2021) Introduction: (e)DNA-based activities. In Liška, I., Wagner, F., Sengl, M., Deutsch, K., Slobodník, J. and Paunovic, M. (eds.), Joint Danube Survey 4 Scientific Report: A Shared Analysis of the Danube River. International Commission for the Protection of the Danube River, Vienna, pp. 115-120. ISBN 978-3-200-07450-7

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Links:

http://www.danubesurvey.org/jds4/publications/scientific-report

2020

Leese, F., Beermann, A.J., Zizka, V. unter Mitarbeit von Astrin, J., Bálint, M., Bourlat, S., Buchner, D., Elbrecht, V., Hörren, T., Krehenwinkel, H., Monaghan, M., Morinière, J., Pauls, S.U., Schäffler, L., Weigand, A. 2020 Potenzial genetischer Methoden für die Erfassung und das Monitoring von Insekten. Ausarbeitung im Rahmen des F+E-Vorhabens „Konzeptentwicklung zum bundesweiten Insektenmonitoring"

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