Utilities

Alle gelisteten Tools erfordern das Perl Package
 
Alicut
 
Alicut benutzt die Ausgabe von der Software Aliscore und entfernt Alignment-Regionen die von einem zufaelligen Alignment nicht unterschieden werden können. Gepaarte Positionen (sogenante stems) koennen berücksichtigt werden, wenn als erste Sequenz im Alignment eine Klammer-Punkt (dot-bracket) Struktur geliefert wird. Klammern bezeichnen gepaarte, Punkte ungepaarte Positionen.

Alicut wird nicht laenger unterstützt.

Countbrackets
 
konvertiert eine "dot-bracket" Struktur in eine Liste gepaarter und ungepaarter Positionen. Dies kann beispielweise genutzt werden, um Sekundärstruktur-Information für das Programm MrBayes zu liefern. Input ist eine einfache Textdatei (erstellt mit einem Editor wie zum Beispiel Notepad++. Die textdatei darf lediglich die dot bracked Struktur enthalten (einzeilig). 

Benutzung: perl countbrackets.pl FILE