Forschungszentren und -gruppen
Die Forschungsschwerpunkte des ZFMK sind Phylogenie, Speziation und Biogeographie terrestrischer Wirbeltiere und Insekten.
Spezies-bezogene Forschung
Grundlage der wissenschaftlichen Tätigkeit der großen biologischen Forschungsmuseen sind ihre Sammlungen als generelle Datenspeicher der vergleichenden Biologie. Die zentrale Dokumentationseinheit und Ebene des primären Zugangs zur biologischen Vielfalt ist die Spezies, die biologische Art. Die Fragestellungen der biologischen Forschungsmuseen sind also primär taxon-spezifisch ausgerichtet. Entsprechend unterscheiden sich ihre Forschungsansätze von denen der Universitäten und anderer Einrichtungen.
Die spezies-bezogene Grundlagenforschung gewinnt nach einer längeren Phase der Konzentration auf andere Themen wieder erhebliche Bedeutung. In zunehmendem Maße wird klar, dass unsere Kenntnisse über die biologische Grundausstattung der Erde in den meisten Kontinenten und für viele taxonomische Gruppen noch außerordentlich unzureichend sind.
Taxonomischer Schwerpunkt
Das Museum Koenig ist primär auf die Bearbeitung der terrestrischen Fauna ausgerichtet, wobei der Begriff "terrestrisch" hier im weiteren Sinne verstanden wird und limnische Organismen einschließt, die sich vielfach von terrestrischen Formen ableiten und ökologisch oft nur im Verbund mit diesen gesehen werden können.
Dementsprechend liegt der taxonomische Schwerpunkt der Sammlungen ebenso wie derjenige der Forschungsthemen bei der Bearbeitung der beiden Hauptgruppen der terrestrischen Fauna, den Wirbeltieren und den Insekten.
Regionaler Schwerpunkt
Regionale Schwerpunkte umfassen das gemäßigte Eurasien (die Paläarktis), das tropische und subtropische Afrika (die Afrotropis) sowie Mittel- und Südamerika (die Neotropis). Viele Projekte umfassen ökologische Aspekte von Wirbeltieren und Insekten, unter besonderer Berücksichtigung von proximaten und ultimaten Faktoren.