Das Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels

ist ein Forschungsmuseum der Leibniz Gemeinschaft

Dr. Sarah Bourlat

Sektionsleiterin Metabarcoding
Ombudsperson - Sicherung der Guten wissenschaftlichen Praxis (Vertretung)

Metabarcoding

Tel: +49 (0)228 9122 353

Fax: +49 (0)228 9122 212

E-Mail: s.bourlat [at] leibniz-lib.de

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Profil

Aufgabenbereiche

Metabarcoding, Metagenomik, e-DNA, Molekulare Ökologie, Biodiversität & Umweltschutz.

Forschungsinteressen

Biomonitoring und HTS-gestützte Biodiversitätserfassung, Insektenschwund und Ökosystem-Management.
Biomonitoring invasiver Arten und von Rote-Liste-Arten, Methoden-Entwicklung für hochsensible Artdetektierung in Umwelproben.
Nahrungsnetze, Darminhaltsanalysen, Tier-Pflanze- und Wirt-Parasit-Wechselwirkungen.
Räumliche und zeitliche Veränderungen von Arten in Ökosystemen, Wandel von Artgemeinschaften, Ökosystem-Modellierung.
Untersuchungen auf Reproduzierbarkeit und methodische Robustheit von Metabarcoding-Analyseschienen, Standardisierung von Protokollen, Benchmarking, kalibrierende Metabarcoding-Tests von Mischproben mit bekannter Artzusammensetzung.
Prozessierung und Analyse umfangreicher Metabarcoding-Datensätze im Kontext automatisierter Biodiversitätsmonitoring-Stationen und Malaisefallen.
Entwicklung 'PCR-freier' Methoden für genaue qualitative und ggf. quantitative Biodiversitätserfassung.

Projekte

2022

BGE - Biodiversity Genomics Europe

Das Projekt Biodiversity Genomics Europe (BGE)(link is external) hat das übergeordnete Ziel, die Nutzung der Genomik zu beschleunigen, um das Verständnis der biologischen Vielfalt zu verbessern, Veränderungen in der biologischen Vielfalt zu überwachen und Maßnahmen zur Bekämpfung ihres Rückgangs zu ergreifen.Trotz der bahnbrechenden Entwicklungen sowohl bei der DNA-Barcodierung als auch bei der vollständigen Genomsequenzierung besteht nach wie vor die dringende Notwendigkeit, funktionierende Praxisgemeinschaften auf verschiedenen Ebenen zu entwickeln und zu stärken, um Kapazitäten aufzubauen,

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Biobank, Metabarcoding, Lepidoptera, Hymenoptera, Diptera

Projektleitung:

Astrid Böhne

Finanzierung:

Europäische Union

2021

Hybridschwarmevolution in Elritzen

In der Biodiversitätsforschung ist bislang nur wenig darüber bekannt, inwiefern Hybridisierung einer einheimischen und nicht einheimischen Art zu einer neuen ihrerseits invasiven Art führen kann. Eine Forschungsgruppe um Dr. Madlen Stange widmet sich nun dieser Forschungslücke mit einem Vorhaben am Zoologischen Forschungsmuseum Alexander Koenig – Leibniz-Institut für Biodiversität der Tiere. Die Gruppe untersucht die Verbreitung des ökologisch wertvollen Schwarmfisches Elritze u.a. in der Sieg, einem etwa 155 Kilometer langem Nebenfluss des Rheins.

Abteilung/Sektion:

Junior-Forschungsgruppe (Elritzen), Zentrum für Taxonomie und Morphologie (ztm), Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (zmb), Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Ichthyologie, Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Metabarcoding

Projektleitung:

Dr. Madlen Stange

Finanzierung:

Leibniz-Gemeinschaft

BALIN: Insektenschutz an Bahnhöfen

Das BALIN Projekt ist inhaltlich im Handlungsfeld Lichtverschmutzung des Aktionsprogramms Insektenschutz der Bundesregierung angesiedelt. Personenbahnhöfe und Haltestellen der Bahn sind in Deutschland regelmäßig beleuchtet, um die Sicherheit, die Orientierung auf dem Bahngelände, die Einhaltung der Barrierefreiheit sowie die Prävention von Vandalismus zu gewährleisten. Die Beleuchtung unterliegt dabei strengen Anforderungen, die an allen Bahnhöfen in Deutschland eingehalten werden müssen.

Abteilung/Sektion:

Zentrum für Biodiversitätsmonitoring und Naturschutzforschung (zbm), Experimentelle und Angewandte Ökologie, Metabarcoding, Lepidoptera

Projektleitung:

Prof. Dr. Christoph Scherber

2020

GBOL III: Dark Taxa

The BMBF-funded GBOL, the German Barcode of Life initiative, has been run successfully over the last eight years. It delivered an operative DNA barcode reference library for German animals, fungi and plants. However, a significant proportion of insect taxa has so far been excluded from GBOL and merely all biodiversity research, because no or only very insufficient expertise and information are available that allow to get a grip on them. They are called “Dark Taxa”.

Abteilung/Sektion:

Hymenoptera, Diptera, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Theriologie, Biobank, Biodiversitätsinformatik, Direktion, Zentrum für Biodiversitätsmonitoring und Naturschutzforschung (zbm), Abteilung Arthropoda, Metabarcoding, Verwaltung, ZFMK Internationale Graduiertenschule, Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (zmb)

Projektleitung:

Dr. Ralph S. Peters

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

2019

Biodiversitätsverlust stoppen durch verbessertes Aufspüren von bedrohten wirbellosen Tieren

In today’s biodiversity crisis, there is an urgent need to monitor terrestrial and aquatic species in their natural habitats, especially those that may be endangered, invasive or elusive. Traditional species observation methods, based on acoustic or observational surveys are inefficient, costly and time consuming. On the other hand, DNA is continuously deposited in the environment from natural processes and this environmental DNA (eDNA) allows us to detect species and reconstruct their communities with a high level of sensitivity.

Abteilung/Sektion:

Metabarcoding

Projektleitung:

Dr. Sarah Bourlat

2011

GBOL- German Barcode of Life

German Barcode of Life ( GBOL ) ist ein vom BMBF gefördertes Projekt zur Inventarisierung und genetischen Charakterisierung der Tiere, Pflanzen und Pilze Deutschlands anhand von DNA-Barcodes.

Projektleitung:

Prof. Dr. J. Wolfgang Wägele

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

Publikationen

Publiziert in

2020

Giebner, H., Langen, K., Bourlat, S.J., Kukowka, S., Mayer, C., Astrin, J.J., Misof, B., Fonseca, V.G. (2020): Comparing diversity levels in environmental samples: DNA sequence capture and metabarcoding approaches using 18S and COI genes. - Molecular Ecology Resources 20: 1333–1345.

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Links:

https://doi.org/10.1111/1755-0998.13201

2019

Bernal, R., Bacon, C.D., Balslev, H., Hoorn, C., Bourlat, S.J., Tuomisto, H., Salamanca, S., et al. (2019): Could coastal plants in western Amazonia be relicts of past marine incursions? - Journal of Biogeography 46 (9): 1749-1759. https://doi.org/10.1111/jbi.13560

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Leidenberger S., Jonsson A., Bourlat S.J. (2019). End biodiversity loss through improved tracking of marine threatened invertebrates. 8th International Barcode of Life Conference 2019, June 17-20, 2019.

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Retter, A., Nilsson, H., Bourlat, S.J. (2019): Exploring the taxonomic composition of two fungal communities on the Swedish west coast through metabarcoding. - Biodiversity Data Journal 7: e35332. https://doi: 10.3897/BDJ.7.e35332

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2017

Haenel, Q., Holovachov, O., Jondelius, U., Sundberg, P., Bourlat S. J. (2017): NGS-based biodiversity and community structure analysis of meiofaunal eukaryotes in shell sand from Hållö island, Smögen, and soft mud from Gullmarn Fjord, Sweden. - Biodiversity Data Journal 5: e12731. https://doi.org/10.3897/BDJ.5.e12731

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Holovachov, O., Haenel, Q., Bourlat, S. J., Jondelius, U. (2017): Taxonomy assignment approach determines the efficiency of identification of OTUs in marine nematodes. Royal Society Open Science 4 (8): 170315. https://dx.doi.org/10.1098/rsos.170315

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Jakubavičiūtė, E., Bergström, U., Eklöf, J. S., Haenel, Q., Bourlat, S. J. (2017): DNA metabarcoding reveals diverse diet of the three-spined stickleback in a coastal ecosystem. - PLoS ONE 12(10): e0186929. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0186929

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2016

Bourlat, S. J. (2016): Marine Genomics - Methods and protocols. Methods in Molecular Biology Series (1452). - Springer (New York). 264 pp.

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Bourlat, S. J., Haenel, Q., Finnman, J., Leray, M. (2016): Preparation of amplicon libraries for metabarcoding of marine eukaryotes using Illumina MiSeq: the dual- PCR method. In: Bourlat, S. J. (ed.): Marine Genomics - Methods and protocols. - Springer (New York). pp. 197-208. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3774-5_13

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Hardisty, H., Bacall, F., Beard, N., Balcazar-Vargas, M. P., Balech, B., Barcza, Z., Bourlat, S. J., et al. (2016): BioVeL: a virtual laboratory for data analysis and modelling in biodiversity science and ecology. - BMC Ecology 16:49. https://doi.org/10.1186/s12898-016-0103-y

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Leray, M., Haenel, Q., Bourlat, S.J. (2016): Preparation of amplicon libraries for metabarcoding of marine eukaryotes using Illumina MiSeq: the adaptor ligation method. In: Bourlat, S. J. (ed.): Marine Genomics - Methods and protocols. - Springer (New York). pp. 209-218. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-3774-5_14

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Seiten

2011-2018 Researcher, University of Gothenburg, Sweden

2016 Docent (Associate professor) in Biology with focus on Marine Biodiversity

2008-2010 Researcher, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden

2006-2007 Postdoctoral researcher, University College London, UK

2003-2005 Postdoctoral researcher, University of Cambridge, UK

2002 PhD in Genetics, University of Vienna, Austria

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2022

BGE - Biodiversity Genomics Europe

2021

Hybridschwarmevolution in Elritzen

BALIN: Insektenschutz an Bahnhöfen

2020

GBOL III: Dark Taxa

2019

Biodiversitätsverlust stoppen durch verbessertes Aufspüren von bedrohten wirbellosen Tieren

2011

GBOL- German Barcode of Life

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