Dr. Björn Quast

Forschungsinteressen

Publikation und Visualisierung morphologischer Daten

Zoologische Forschung steckt in einem erstaunlichen Paradoxon. Neue Bildgebungs- und Mikroskopieverfahren erlauben bisher ungeahnte Einblicke in die Anatomie von Zellen und Organismen und eine umfassende digitale Dokumentation von Ergebnissen. Mit der zunehmenden  Spezialisierung auf subzellulare und molekulare Fragestellungen geht anatomisches Wissen über Tiere verloren. Ohne fundierte anatomische Kenntnisse besteht die Gefahr, dass Strukturen und physiologische Mechanismen falsch interpretiert werden oder schlichtweg nicht erkannt werden. Die Referenz auf anatomische Literatur bietet hier keinen Ausweg, da sie in der Regel auf das 19. und frühe 20. Jahrhundert zurück geht und keine aktuellen Fachtermini und Bilddokumentationen liefert. Anatomisches Wissen verliert seinen Kontext und geht verloren.

Mit den heutigen Möglichkeiten des Internets sollte es möglich sein, mikroskopische Schnittserien und Rekonstruktionen mit Annotationen zugänglich zu machen. Eine solche Publikation von Forschungsdaten würde den derzeitigen Forschungstand darstellen und diskutabel machen. Biologische Arbeitsgruppen bekämen Zugriff auf Daten, die sie selbst nicht erzeugen können, so wie das im Umfeld der molekularen Biologie schon lange Standard ist. Derzeit verfügbare Tools (z. B. CATMAID) fokussieren auf Forschergruppen-internen Austausch. Eine darüber hinaus gehende Veröffentlichung erfordert leicht zu handhabende Tools, die sich einfach installieren lassen und als Bausteine genutzt werden können. Mit Viewern für Schnittserien und 3D-Modelle habe ich angefangen, an einem Proof of Concept zu arbeiten. Diese Konzepte will ich langfristig in die am ZFMK vorhandenen Forschungs-Datenbanken wie MorphDBase einbinden. Dabei steht Leichtgewichtigkeit, Modularität und Wiederverwendbarkeit von Tools im Zentrum der Entwicklung.

An der Niedersächsischen Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen habe ich intensiv an Datenmanagement-Planung und an Tools zur Unterstützung von Forschern gearbeitet. Dabei wird der Zielkonflikt zwischen einer möglichst umfassenden Sicherung von Forschungsdaten und dem akuten Druck zur Publikation und Daten-Produktion, der auf Wissenschaftlern lastet, deutlich. Abhilfe können hier nur Hilfestellungen und Software-Produkte leisten, die auf das Umfeld der Wissenschaftler eingehen. Dabei ist sehr genau zu schauen, welche Aspekte für Wissenschaftler und welche für die beteiligte Informatik relevant sind. Ich gehe davon aus, dass mit den immer umfangreicheren Möglichkeiten zur digitalen Dokumentation Forschungsdaten zukünftig ein integraler Bestandtteil von wissenschaftlichen Publikationen werden und zunehmend auch eigenständig als Datenpublikation veröffentlicht werden.