Das Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels

ist ein Forschungsmuseum der Leibniz Gemeinschaft

Sebastian Martin

Wissenschaftlicher Programmierer

Bioinformatische Genomik

Tel: +49 (0)228 9122 428

Fax: +49 (0)228 9122 295

E-Mail: s.martin [at] leibniz-lib.de

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Profil

Aufgabenbereiche

Seit April 2019 bin ich als wissenschaftlicher Programmierer am ZMB beschäftigt. Zu meinen Aufgaben gehören Datenmanagement molekularer Daten, Entwicklung von Analysepipelines und Benchmarking.

Forschungsinteressen

Genomevolution
Evolution von Genfamilien
Genom- & Transkriptomassembly
automatische und manuelle Annotation
Phylogenie

Projekte

2019

FOGS - Forensic Genetics for Species Protection

Im FOGS-Projekt werden DNA-basierte Werkzeuge zur Bekämpfung des illegalen Handels mit geschützten Tierarten entwickelt.

Abteilung/Sektion:

Biobank, Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Experimentelle und Angewandte Ökologie, Biodiversitätsinformatik, Herpetologie, Verwaltung, Bioinformatische Genomik, Abteilung Arthropoda

Projektleitung:

Dr. Jonas Astrin

Finanzierung:

Bundesministerium für Bildung und Forschung

2017

Sequencing museum material

In this project we investigate how we efficiently can use old, dried, museum materil for phylogenomic studies. A hybrid enrichment kit for Lepidoptera is being designed and first test are promising, indicating that hundreds of genes can be successfully seqeunced for over 130 year old material.

Abteilung/Sektion:

Lepidoptera, Statistische Phylogenetik und Phylogenomik, Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (zmb)

Projektleitung:

Dr. Marianne Espeland

Finanzierung:

Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig

Publikationen

Publiziert in

2023

Flury JM, Meusemann K, Martin S, Hilgers L, Spanke T, Böhne A, Herder F, Mokodongan D, Altmüller J, Wowor D, Misof B, Nolte AW, Schwarzer J. (2023) Potential contribution of ancient introgression to the evolution of a derived reproductive strategy in ricefishes. Genome Biology and Evolution: evad138, doi: 10.1093/gbe/evad138

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Links:

Potential contribution of ancient introgression to the evolution of a derived reproductive strategy in ricefishes.

Böhne A, Oğuzhan Z, Chrysostomakis I, Vitt S, Meuthen D, Martin S, Kukowka S and Thünken T. (2023) Evidence for selfing in a vertebrate from whole-genome sequencing. Genome Research: 33: 2133-2142, doi:10.1101/gr.277368.122.

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Links:

Evidence for selfing in a vertebrate from whole-genome sequencing

Bourlat, S. J., Tschan, G. F., Martin, S., Iqram, M., Leidenberger, S. (2023): A red listing gap analysis of molluscs and crustaceans in Northern Europe: What has happened in the last 10 years? - Biological Conservation 286: 110247.

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Links:

https://doi.org/10.1016/j.biocon.2023.110247

Moris, V.C., Podsiadlowski, L., Martin, S., Oeyen, J.P., Donath, A., Petersen, M., Wilbrandt, J., Misof, B., Liedtke, D., Thamm, M., Scheiner, R., Schmitt, T., Niehuis, O. (2023). Intrasexual cuticular hydrocarbon dimorphism in a wasp sheds light on hydrocarbon biosynthesis genes in Hymenoptera. Communications Biology 6: 147

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Pyrcz, T., Lachowska-Cierlik, D., Willmott, K. R., Mrozek, A., Mahecha-Jimenez, O., Fåhraeus ,C., Boyer, P., Martin, S., Espeland, M. (2023): A new genus in the diverse Andean Pedaliodes complex uncovered using target enrichment (Lepidoptera, Nymphalidae). Systematic Entomology, 48, 163-177.

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Oriowo T, Chrysostomakis I, Martin S, Kukowka S, Brown T, Winkler S, Myers EW, Böhne A and Stange M. (2023) A chromosome-level, haplotype-resolved genome assembly and annotation for the Eurasian minnow (Leuciscidae - Phoxinus phoxinus) provide evidence of haplotype diversity. bioRxiv 2023.11.30.569369. doi: 10.1101/2023.11.30.569369

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Links:

A chromosome-level, haplotype-resolved genome assembly and annotation for the Eurasian minnow (Leuciscidae - Phoxinus phoxinus)

2022

Joshi, M., Espeland, M., Dincă, V., Vila, R., Tahami, M.S., Dietz, L., Mayer, C., Martin, S., Dapporto, L. and Mutanen, M., (2022): Delimiting Continuity: Comparison of Target Enrichment and ddRAD for Delineating Admixing Parapatric Melitaea Butterflies. Systematic Entomology

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Martin, S., Lesny, P., Glenner, H., Hecht, J., Vilcinskas, A., Bartolomaeus, T., Podsiadlowski, L. (2022). Genomic adaptations to an endoparasitic lifestyle in a morphologically aberrant crustacean, Sacculina carcini (Cirripedia: Rhizocephala). Genome Biology & Evolution 14: evac149

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2021

Mayer, C., Dietz, L., Call, E., Kukowka, S., Martin, S., Espeland, M., 2021. Adding leaves to the Lepidoptera tree: capturing hundreds of nuclear genes from old museum specimens. Systematic Entomology 46, 649-671 https://doi.org/10.1111/syen.12481

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Vasilikopoulos, A., Balke, M., Kukowka, S., Pflug, J. M., Martin, S., Meusemann, K., Hendrich, L., Mayer, C., Maddison, D. R., Niehuis, O., Beutel, R. G. Misof, B. (2021): Phylogenomic analyses clarify the pattern of evolution of Adephaga (Coleoptera) and highlight phylogenetic artefacts due to model misspecification and excessive data trimming. - Systematic Entomoly 46: 991-1018. https://doi.org/10.1111/syen.12508.

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Links:

https://doi.org/10.1111/syen.12508

Präsentationen

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„Repeat landscapes in the genomes of Cirripedia (Crustacea)“, DZG-Tagung Bielefeld 2017

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