Das Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels

ist ein Forschungsmuseum der Leibniz Gemeinschaft

Sandra Kukowka

Technische Assistentin

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere)

Tel: +49 (0)228 9122 343

Fax: +49 (0)228 9122 295

E-Mail: s.kukowka [at] leibniz-zfmk.de

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Projekte

2022

DeRGA - Deutscher ReferenzG...

Deutscher Hub des Europäischen Referenz-Genom-AtlasAufbauend auf der Mission von ERGA (European Reference Genome Atlas) hat die deutsche Biodiversitätsgenomik-Gemeinschaft das Ziel, qualitativ hochwertige Referenzgenome der deutschen eukaryotischen Biodiversität zu generieren:Unsere Initiative vernetzt die Biodiversitätsgenomik-Expertise in ganz Deutschland, einschließlich der wissenschaftlichen Exzellenz von Universitäten, Forschungsmuseen und akademischen Einrichtungen, NGS-Sequenzierungskompetenz, HPC-Infrastruktur und translationalem Wissenstransfer.

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Vergleichende Genomik (Insekten), Bioinformatische Genomik, Hochleistungsrechner

Projektleitung:

Astrid Böhne

ColLomic

Hochwertige Genome sind eine wichtige Grundlage für die biologische und evolutionäre Forschung. Die Erstellung von Genomassemblies mit hoher Vollständigkeit und Kontiguität erfordert jedoch idealerweise frische, tiefgefrorene Proben. Die Verfügbarkeit solcher Proben ist zu einer großen Einschränkung für die Biodiversitätsgenomik geworden, insbesondere bei seltenen oder gefährdeten Arten oder solchen, die in abgelegenen Regionen leben.

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Herpetologie, Wissenschaftliche Lebendtierhaltung, Theriologie, Biobank

Projektleitung:

Astrid Böhne

Finanzierung:

Leibniz-Gemeinschaft

2021

Geschlechtschromosomen in Buntbarschen

Die Mechanismen der Geschlechtsbestimmung sind mannigfaltig und reichen von diversen Umweltfaktoren über verschiedene genetische Systeme bis zu komplexen Kombinationen ex- und intrinsischer Signale. Diese Mechanismen sind in einigen organismischen Gruppen konserviert (zB haben alle Säugetiere dieselben Geschlechtschromosomen) wohingegen sie sich in anderen Gruppen selbst zwischen Schwesterarten unterscheiden.

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere)

Projektleitung:

Astrid Böhne

Finanzierung:

Europäische Union, Deutsche Forschungsgemeinschaft

Publikationen

Publiziert in

2023

Böhne A, Oğuzhan Z, Chrysostomakis I, Vitt S, Meuthen D, Martin S, Kukowka S and Thünken T. (2023) Evidence for selfing in a vertebrate from whole-genome sequencing. Genome Research: 33: 2133-2142, doi:10.1101/gr.277368.122.

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Links:

Evidence for selfing in a vertebrate from whole-genome sequencing

Böhne A, Thiel-Bender C, Kukowka S, Darwin Tree of Life Barcoding collective, Wellcome Sanger Institute Tree of Life programme, Wellcome Sanger Institute Scientific Operations: DNA Pipelines collective, Tree of Life Core Informatics collective. (2023) The genome sequence of the hazel dormouse, Muscardinus avellanarius (Linnaeus, 1758). Wellcome Open Research: 8(514), doi: 10.12688/wellcomeopenres.20360.1.

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Links:

The genome sequence of the hazel dormouse, Muscardinus avellanarius (Linnaeus, 1758).

Dietz, L., Eberle, J., Mayer, C., Kukowka, S., Bohacz, C., Baur, H., Espeland, M., Huber, B.A., Hutter, C., Mengual, X., Peters, R.S., Vences, M., Wesener, T., Willmott, K., Misof, B., Niehuis, O., Ahrens, D., 2023. Standardized nuclear markers improve and homogenize species delimitation in Metazoa. Methods in Ecology and Evolution, 14, 543-555 https://doi.org/10.1111/2041-210X.14041

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Stolle E, Guiglielmoni N, Kirangwa J, Kukowka S, Meitzel T, Mc Cartney A, Heilmann-Heimbach S, Becker K, Köhrer K and Böhne A. (2023) Reference genome sequence of the solitary bee Camptopoeum friesei Mocsáry, 1894 (Hymenoptera, Andrenidae). bioRxiv 2023.08.27.555015, doi: 10.1101/2023.08.27.555015

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Links:

Reference genome sequence of the solitary bee Camptopoeum friesei Mocsáry, 1894 (Hymenoptera, Andrenidae)

Mengual, X., Mayer, C., Burt, T.O., Moran, K.M., Dietz, L., Nottebrock, G., Pauli, T., Young, A.D., Brasseur, M.V., Kukowka, S., Kelso, S., Etzbauer, C., Bot, S., Hauser, M., Jordaens, K., Miranda, G.F.G., Ståhls, G., van Steenis, W., Peters, R.S., Skevington, J.H. (2023): Systematics and evolution of predatory flower flies (Diptera: Syrphidae) based on exon-capture sequencing. Systematic Entomology 48: 250-277. https://doi.org/10.1111/syen.12573

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Oriowo T, Chrysostomakis I, Martin S, Kukowka S, Brown T, Winkler S, Myers EW, Böhne A and Stange M. (2023) A chromosome-level, haplotype-resolved genome assembly and annotation for the Eurasian minnow (Leuciscidae - Phoxinus phoxinus) provide evidence of haplotype diversity. bioRxiv 2023.11.30.569369. doi: 10.1101/2023.11.30.569369

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Links:

A chromosome-level, haplotype-resolved genome assembly and annotation for the Eurasian minnow (Leuciscidae - Phoxinus phoxinus)

2022

Dietz L., Eberle J., Kukowka S., Mayer C., Bohacz C., Baur, H., Espeland M., Huber B., Hutter, C., Mengual X., Peters R.S., Vences M., Wesener T., Willmott K., Misof B., Niehuis O., Ahrens D. (2022) Standardized nuclear markers improve and homogenize species delimitation in Metazoa. Methods in Ecology and Evolution

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2021

Mayer, C., Dietz, L., Call, E., Kukowka, S., Martin, S., Espeland, M., 2021. Adding leaves to the Lepidoptera tree: capturing hundreds of nuclear genes from old museum specimens. Systematic Entomology 46, 649-671 https://doi.org/10.1111/syen.12481

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Pauli, T., Meusemann, K., Kukowka, S., Sann, M., Donath, A., Mayer C., Oeyen, J.P., ..., Podsiadlowski, L., ..., Misof, B., Peters, R.S., et al. (2021): Analysis of RNA-Seq, DNA Target Enrichment, and Sanger Nucleotide Sequence Data Resolves Deep Splits in the Phylogeny of Cuckoo Wasps (Hymenoptera: Chrysididae). - Insect Systematics and Diversity 5: 1. https://doi.org/10.1093/isd/ixaa018.

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Links:

https://academic.oup.com/isd/article/5/1/1/6061886
https://doi.org/10.1093/isd/ixaa018

Vasilikopoulos, A., Balke, M., Kukowka, S., Pflug, J. M., Martin, S., Meusemann, K., Hendrich, L., Mayer, C., Maddison, D. R., Niehuis, O., Beutel, R. G. Misof, B. (2021): Phylogenomic analyses clarify the pattern of evolution of Adephaga (Coleoptera) and highlight phylogenetic artefacts due to model misspecification and excessive data trimming. - Systematic Entomoly 46: 991-1018. https://doi.org/10.1111/syen.12508.

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Links:

https://doi.org/10.1111/syen.12508

2020

Giebner, H., Langen, K., Bourlat, S.J., Kukowka, S., Mayer, C., Astrin, J.J., Misof, B., Fonseca, V.G. (2020): Comparing diversity levels in environmental samples: DNA sequence capture and metabarcoding approaches using 18S and COI genes. - Molecular Ecology Resources 20: 1333–1345.

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Links:

https://doi.org/10.1111/1755-0998.13201

2018

Pauli, T. , Castillo‐Cajas, R. F., Rosa, P. , Kukowka, S. , Berg, A. , van den Berghe, E. , Fornoff, F. , Hopfenmüller, S. , Niehuis, M. , Peters, R. S., Staab, M. , Strumia, F. , Tischendorf, S. , Schmitt, T. and Niehuis, O. (2018). Phylogenetic analysis of cuckoo wasps (Hymenoptera: Chrysididae) reveals a partially artificial classification at the genus level and a species‐rich clade of bee parasitoids. Systematic Entomolology. doi:10.1111/syen.12323

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