Das Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels

ist ein Forschungsmuseum der Leibniz Gemeinschaft

Dr. Alexander Donath

Sektionsleiter
Leiter HPC-Cluster
Tel: +49 (0)228 9122 344
Fax: +49 (0)228 9122 295
E-Mail: a.donath [at] leibniz-lib.de

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Profil

Forschungsinteressen

  • Evolution mitochondrialer Genome
  • Analyse von Transkriptomen und Genomen zur Beantwortung phylogenetischer Fragestellungen
  • Seltene genomische Veränderungen

Weitere Informationen

gappy v1.0
gappy extrahiert splids (split-induzierende In/Dels) aus einem gegebenen Alignment und erstellt eine binäre An-/Abwesenheitsmatrix.
 
gappy ist in C++ geschrieben. Das Tool liest multiple Sequenz-Alignments in FASTA Format. Der Benutzer kann eine minimale und maximale Länge der In/Dels zur Bestimmung der splids angeben.
Standardmäßig ist die Ausgabe eine FASTA-Datei, mit der in binär codierten splid-Information, und eine zusammenfassende Statistik.
 
Der output ist auch in PHYLIP und NEXUS-Format möglich.

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