Dr. Alexander Donath

Sektionsleiter
Leiter HPC-Cluster

Bioinformatische Genomik, Hochleistungsrechner

Tel: +49 (0)228 9122 344

Fax: +49 (0)228 9122 295

E-Mail: a.donath [at] leibniz-lib.de

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Profil

Forschungsinteressen

Evolution mitochondrialer Genome
Analyse von Transkriptomen und Genomen zur Beantwortung phylogenetischer Fragestellungen
Seltene genomische Veränderungen

Weitere Informationen

gappy v1.0
gappy extrahiert splids (split-induzierende In/Dels) aus einem gegebenen Alignment und erstellt eine binäre An-/Abwesenheitsmatrix.

gappy ist in C++ geschrieben. Das Tool liest multiple Sequenz-Alignments in FASTA Format. Der Benutzer kann eine minimale und maximale Länge der In/Dels zur Bestimmung der splids angeben.
Standardmäßig ist die Ausgabe eine FASTA-Datei, mit der in binär codierten splid-Information, und eine zusammenfassende Statistik.

Der output ist auch in PHYLIP und NEXUS-Format möglich.

Projekte

Software: gappy v1.0

gappy extrahiert splids (split-induzierende In/Dels) aus einem gegebenen Alignment und erstellt eine binäre An-/Abwesenheitsmatrix.

gappy ist in C++ geschrieben. Das Tool liest multiple Sequenz-Alignments in FASTA Format. Der Benutzer kann eine minimale und maximale Länge der In/Dels zur Bestimmung der splids angeben.

Standardmäßig ist die Ausgabe eine FASTA-Datei, mit der in binär codierten splid-Information, und eine zusammenfassende Statistik.

Der output ist auch in PHYLIP und NEXUS-Format möglich.

2022

DeRGA - Deutscher ReferenzG...

Deutscher Hub des Europäischen Referenz-Genom-AtlasAufbauend auf der Mission von ERGA (European Reference Genome Atlas) hat die deutsche Biodiversitätsgenomik-Gemeinschaft das Ziel, qualitativ hochwertige Referenzgenome der deutschen eukaryotischen Biodiversität zu generieren:Unsere Initiative vernetzt die Biodiversitätsgenomik-Expertise in ganz Deutschland, einschließlich der wissenschaftlichen Exzellenz von Universitäten, Forschungsmuseen und akademischen Einrichtungen, NGS-Sequenzierungskompetenz, HPC-Infrastruktur und translationalem Wissenstransfer.

Abteilung/Sektion:

Vergleichende Genomik (Wirbeltiere), Vergleichende Genomik (Insekten), Bioinformatische Genomik, Hochleistungsrechner

Projektleitung:

Astrid Böhne

2019

Morphologie und Phylogenie der Schaben und Termiten

Die etwa 7500 Arten der Schaben und Termiten werden in dem Taxon Blattodea zusammengefasst. Ziel des Projektes ist die Klärung der Verwandtschaftsverhältnisse zwischen den einzelnen Teilgruppen der Blattodea, die Datierung der wichtigsten Aufspaltungen. Ausserdem werden die Kopfmorphologie und die Funktionsmorphologie der Mundwerkzeuge untersucht.

Abteilung/Sektion:

Morphologielabor, Bioinformatische Genomik, Molekularlabor, Hymenoptera, Direktion

Projektleitung:

Dr. Benjamin Wipfler

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

2018

Evolution der polyneopteren Insekten

Polyneoptera ist eine der vier Großgruppen der geflügelten Insekten und besteht aus elf traditionellen Ordnungen wie den Heuschrecken (Orthoptera), den Ohrkneifern (Dermaptera) oder den Schaben (Blattodea). Die Verwandtschaftsverhältnisse zwischen diesen Teilgruppen und damit auch wichtige evolutive Erergnisse wie zum Beispiel der Ursprung von Sozialverhalten, Habitatpräferenzen oder morphologische Anpassungen sind vollkommen ungeklärt. In dem hier vorgestellten Projekt wird durch eine Kombination von phylogenomischen Analysen und detailierten phenotypischen Daten das erste umfassende Bild der Evolution der polyneopteren Insekten entworfen.

Abteilung/Sektion:

Morphologielabor, Bioinformatische Genomik, Statistische Phylogenetik und Phylogenomik, Direktion, Hymenoptera, Graduiertenschule (GBR), Molekularlabor

Projektleitung:

Dr. Benjamin Wipfler

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

2017

Evolution der Dexiarchia

Die Meeresschnecken der Untergruppe Dexiarchia umfassen weltweit mindestens 2000 Arten und viele noch unbeschriebene Spezies. Bis heute existiert keine umfassende phylogenetische Analyse der Dexiarchia, welche alle Hauptgruppen und deren Verwandtschaftsbeziehungen zueinander behandelt. Dieses Projekt soll dieses fundamentale Problem mit genomischen Daten lösen.

Abteilung/Sektion:

Bioinformatische Genomik, Phylogenetik und Evolutionsbiologie, Morphologielabor, Lehrstuhl Molekulare Biodiversitätsforschung

Projektleitung:

Dr. Alexander Donath

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

2014

Immunbiologie der marinen…

Erforschung der Evolution des angeborenen Immunsystems am Beispiel des kalifornische Seehasen (Meeresschnecke).

Abteilung/Sektion:

Bioinformatische Genomik

Projektleitung:

Dr. Alexander Donath

Finanzierung:

Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig

Blattkäfer - Chrysomelidae

Transkriptomanalyse von Blattkäfern.

Abteilung/Sektion:

Bioinformatische Genomik

Projektleitung:

Dr. Alexander Donath

Finanzierung:

Universität Hamburg

MITOS

Annotationsserver, um die Gene der mitochondriale Genome vielzelliger Tiere (Metazoa) besser bestimmen zu können.

Abteilung/Sektion:

Bioinformatische Genomik

Projektleitung:

Dr. Alexander Donath

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft, Deutscher Akademischer Austauschdienst, Universität Straßburg, ANR MITOMOT, Alexander von Humboldt-Stiftung

2012

1KITE: Die Evolution der Insekten

1KITE ist ein internationales Forschungsprojekt, das die Evolutionsgeschichte der Insekten versucht in bisher nicht dagewesenem Umfang nachzuzeichnen. Ein wesentliches Ziel dieses Projektes ist die Rekonstruktion des Stammbaums der Insekten. Ein solcher ist Voraussetzung, um die mannigfaltigen Anpassungen der Insekten an ihre Umwelt im Laufe der Erdgeschichte besser verstehen zu können. Darüber hinaus können die gewonnenen Erkenntnisse aber auch für die Entwicklung von neuen Arzneimitteln oder Schädlingsbekämpfungsmitteln von großer Bedeutung sein. Zu diesem Zweck ist es vorgesehen, bis Ende…

Abteilung/Sektion:

Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Direktionsstab, Statistische Phylogenetik und Phylogenomik, Personalrat, Bioinformatische Genomik, Hochleistungsrechner, Phylogenetik und Evolutionsbiologie, Hymenoptera, Biodiversitätsinformatik, Biobank, Morphologielabor, Lehrstuhl Molekulare Biodiversitätsforschung, Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (zmb)

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

2011

i5K-Initiative

Im Jahre 2011 wurde von Wissenschaftlern die internationale i5K-Initiative ins Leben gerufen (Robinson et al. 2011). Die Initiative verfolgt das ehrgeizige Ziel, innerhalb der kommenden fünf Jahre die Genome von 5.000 Insektenarten zu sequenzieren und zu analysieren.

Abteilung/Sektion:

Direktion, Lehrstuhl Spezielle Zoologie, Bioinformatische Genomik, Hochleistungsrechner, Statistische Phylogenetik und Phylogenomik, Personalrat, Hymenoptera

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

Externe Projekte

"Metazoan Mitochondrial Genome Annotation"

Fast 2000 komplett sequenzierte mitochondriale Genome, zusammen mit der manuell gepflegten Annotationen ihrer proteinkodierenden Gene, rRNAs und tRNAs, sind inzwischen bei der NCBI RefSeq Datenbank verfügbar. Diese, über zwei Jahrzehnte hinweg gesammelte Annotationsinformation wurde durch ein diverses Set von computergestützten Techniken und unterschiedlichsten Strategien erreicht. Trotz manueller Überprüfung leidet sie immernoch unter Falschannotationen der Ableserichtung, fehlerhaft zugeordneten Gennamen und sowohl fehlenden, als auch falschen Annotationen, besonders im Bereich der RNA-Gene. Dies stellt erhebliche Probleme für vollautomatisierte Techniken dar, die diese Informationen nutzen möchten, um die Verwandtschaftsbeziehungen von Tieren und die molekulare Evolution von mitochondrialen Genomen zu untersuchen.

MITOS (MITOchondrial genome annotation Server) ist eine automatisierte Pipeline, die das Problem einer verlässlichen mitochondrialen Genomannotation von Metazoa angeht und dabei Methoden des aktuellen Forschungsstandards verwendet. Proteinkodierende Gene werden durch eine anspruchsvolle Prozedur, basierend auf mehreren BLAST-Suchen, annotiert. Diese ermöglicht Änderungen im Leseraster, Duplikationen und in mehreren Teilen vorliegende Gene zu identifizieren. Neu entwickelte Kovarianzmodelle nutzen die strukturelle Konservierung von nicht-kodierenden RNAs, um diese zu annotieren.

MITOS erlaubt eine systematische Suche nach Fehlern, die Vereinheitlichung von Genbezeichnungen und -grenzen, die Antikodon-Kennzeichnung von tRNAs und ermöglicht es, die Validität von Genzuordnungen zu überprüfen. Die Ergebnisse von MITOS sind vergleichbar mit denen der RefSeq und MitoZoa im Bezug auf Annotationsabdeckung und -qualität. Gleichzeitig werden systematische Fehler, Inkonsistenzen bei der Nomenklatur und Schreibfehler, wie sie durch manuelle Annotation entstehen können, vermieden.

Die MITOS Pipeline ist verfügbar unter: http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de

Publikationen

ResearcherID: F-2636-2015

Publiziert in

2024

Frandsen PB, Holzenthal RW, Espeland M, Breinholt J, Thomas Thorpe JA, Simon S, Kawahara AY, Plotkin D, Hotaling Sc, Li Y, Nelson CR, Niehuis O, Mayer C, Podsiadlowski L, Donath L, Misof B, Moriarty Lemmon E, Lemmon A, Morse JC, Liu S, Pauls SU, Zhou X. 2024. Phylogenomics recovers multiple origins of portable case making in caddisflies (Insecta: Trichoptera), nature’s underwater architects. Proceedings of the Royal Society B, 291, 20240514

[Mehr]

2023

Moris, V.C., Podsiadlowski, L., Martin, S., Oeyen, J.P., Donath, A., Petersen, M., Wilbrandt, J., Misof, B., Liedtke, D., Thamm, M., Scheiner, R., Schmitt, T., Niehuis, O. (2023). Intrasexual cuticular hydrocarbon dimorphism in a wasp sheds light on hydrocarbon biosynthesis genes in Hymenoptera. Communications Biology 6: 147

[Mehr]

2021

Paraskevopoulou Sofia, Käfer Simon, Zirkel Florian, Donath Alexander, Petersen Malte, Liu Shanlin, Zhou Xin, Drosten Christian, Misof Bernhard, Junglen Sandra, Viromics of extant insect orders unveil the evolution of the flavi-like superfamily, Virus Evolution, 2021;, veab030, https://doi.org/10.1093/ve/veab030

[Mehr]

Kohli, M., Letsch, H., Greve, C., Béthoux, O., Deregnaucourt, I., Liu, S., Zhou, X., Donath, A., Mayer, C., Podsiadlowski, L., Gunkel, S., Machida, R., Niehuis, O., Rust, J., Wappler, T., Yu, X., Misof, B., Ware, J., 2021. Evolutionary history and divergence times of Odonata (dragonflies and damselflies) revealed through transcriptomics. iScience 24, 103324. https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103324

[Mehr]

Bayless, K. M., Trautwein, M. D., Meusemann, K., Petersen, M., Shin, S., Donath, A., Podsiadlowski, L., Mayer, C., Niehuis, O., Peters, R. S., Meier, R., Kutty, S. N., Liu,S., Zhou, X., Misof, B., Yeates, D. K., Wiegmann, B. M. (2021): Beyond Drosophila: resolving the rapid radiation of schizophoran flies with phylotranscriptomics. - BMC Biology 19: 1-17. https://doi.org/10.1186/s12915-020-00944-8.

[Mehr]

Links:

https://doi.org/10.1186/s12915-020-00944-8

Karmeinski, D., Meusemann, K., Goodheart, J. A., Schroedl, M., ..., Wägele, H., Donath, A. (2021): Transcriptomics provides a robust framework for the relationships of the major clades of cladobranch sea slugs (Mollusca, Gastropoda, Heterobranchia), but fails to resolve the position of the enigmatic genus Embletonia. - BMC Ecolology and Evolution 21: 226. https://doi.org/10.1186/s12862-021-01944-0.

[Mehr]

Links:

https://doi.org/10.1186/s12862-021-01944-0

Pauli, T., Meusemann, K., Kukowka, S., Sann, M., Donath, A., Mayer C., Oeyen, J.P., ..., Podsiadlowski, L., ..., Misof, B., Peters, R.S., et al. (2021): Analysis of RNA-Seq, DNA Target Enrichment, and Sanger Nucleotide Sequence Data Resolves Deep Splits in the Phylogeny of Cuckoo Wasps (Hymenoptera: Chrysididae). - Insect Systematics and Diversity 5: 1. https://doi.org/10.1093/isd/ixaa018.

[Mehr]

Links:

https://academic.oup.com/isd/article/5/1/1/6061886
https://doi.org/10.1093/isd/ixaa018

2020

Wipfler, B., Koehler, W., Frandsen, P. B., Donath, A., Liu, S., Machida, R., Misof, B., Peters, R. S., Shimizu, S., Zhou, X., Simon, S. (2020). Phylogenomics changes our understanding about earwig evolution. Systematic Entomology 45: 516-526

[Mehr]

Oeyen, J.P., Baa-Puyoulet, P., Benoit, J.B., Beukeboom, L.W., Bornberg-Bauer, E., Buttstedt, A., Calevro, F., Cash, E.I., Chao, H., Charles, H., Chen, M.-J.M., Childers, C., Cridge, A.G., Dearden, P., Dinh, H., Doddapaneni, H.V., Dolan, A., Donath, A., Dowling, D., Dugan, S., Duncan, E., Elpidina, E.N., Friedrich, M., Geuverink, E., Gibson, J.D., Grath, S., Grimmelikhuijzen, C.J.P., Große-Wilde, E., Gudobba, C., Han, Y., Hansson, B.S., Hauser, F., Hughes, D.S.T., Ioannidis, P., Jacquin-Joly, E., Jennings, E.C., Jones, J.W., Klasberg, S., Lee, S.L., Lesný, P., Lovegrove, M., Martin, S., Martynov, A.G., Mayer, C., Montagné, N., Moris, V.C., Munoz-Torres, M., Murali, S.C., Muzny, D.M., Oppert, B., Parisot, N., Pauli, T., Peters, R.S., Petersen, M., Pick, C., Persyn, E., Podsiadlowski, L., Poelchau, M.F., Provataris, P., Qu, J., Reijnders, M.J.M.F., Marcus von Reumont, B., Rosendale, A.J., Simao, F.A., Skelly, J., Sotiropoulos, A.G., Stahl, A.L., Sumitani, M., Szuter, E.M., Tidswell, O., Tsitlakidis, E., Vedder, L., Waterhouse, R.M., Werren, J.H., Wilbrandt, J., Worley, K.C., Yamamoto, D.S., van de Zande, L., Zdobnov, E.M., Ziesmann, T., Gibbs, R.A., Richards, S., Hatakeyama, M., Misof, B., Niehuis, O., 2020. Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera. Genome Biology and Evolution evaa106.

[Mehr]

Song, H., Béthoux, O., Shin, S., Donath, A., Letsch, H., Liu, S., McKenna, D., Meng, G., Meusemann, K., Misof, B., Podsiadlowski, L., Zhou, X., Wipfler, B., Simon, S. (2020). Phylogenomic analysis sheds new light on the evolutionary pathways towards acoustic communication in Orthoptera. Nature Communications 11: 4939

[Mehr]

Szucsich, N.U., Bartel, D., Blanke, A., Böhm, A., Donath, A., Fukui, M., Grove, S., Liu, S., Macek, O., Machida, R., Misof, B., Nakagaki, Y., Podsiadlowski, L., Sekiya, K., Tomizuka, S., Reumont, B.v., Waterhouse, R., Walzl, M., Meng, G., Zhou, X., Pass, G., Meusemann, K. (2020). Four myriapod relatives – but who are sisters? No end to debates on relationships among the four major myriapod subgroups. BMC Evol Biology 20: 144

[Mehr]

Vasilikopoulos, A., Misof, B., Meusemann, K., Lieberz, D., Flouri, T., Beutel, R. G., Niehuis, O., Peters, R. S., Donath, A., Podsiadlowski, L., Mayer, C., Bartel, D., Böhm, A., Liu, S., Kapli, P., Greve, C., Jepson, J. E., Liu, X., Zhou, X., Aspöck, H., Aspöck, U. (2020): An integrative phylogenomic approach to elucidate the evolutionary history and divergence times of Neuropterida (Insecta: Holometabola). BMC Evolutionary Biology 20:64.

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2019

Simon, S., Letsch, H., Bank, S., Buckley, T. R., Donath, A., Liu, S., Machida, R., Meusemann, K., Misof, B., Podsiadlowski, L., Zhou, X., Wipfler, B., Bradler, S. (2019): Old World and New World Phasmatodea: phylogenomics resolve the evolutionary history of stick and leaf insects. - Frontiers in Ecology and Evolution 7: 345

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Evangelista, D.A., Wipfler, B., Bethoux, O., Donath, A., Fujita, M., Kohli, M.K., Legendre, F., Liu, S., Machida, R., Misof, B., Peters, R.S., Podsiadlowski, L., Rust, J., Schuette, K., Tollenaar, W., Ware, J.L., Wappler, T., Zhou, X., Meusemann, K., Simon, S. (2019) An integrative phylogenomic approach illuminates the evolutionary history of cockroaches and termites (Blattodea). Proceedings of the Royal Society B 286: 20182076

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Kawahara A.Y., Plotkin D., Espeland M., Meusemann K., Toussaint E.F.A., Donath A., Gimnich F., Frandsen P.B., Zwick A., Dos Reis M., Barber J.R., Peters R.S., Liu S., Zhou X., Mayer C., Podsiadlowski L., Storer C., Yack J.E., Misof B., Breinholt J.W. (2019) Phylogenomics reveals the evolutionary timing and pattern of butterflies and moths. Proceedings of the National Acedemy of Sciences. doi: 10.1073/pnas.1907847116

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McKenna, D.D., Shin, S., Ahrens, D., Balke, M., Beza-Beza, C., Clarke, D.J., Donath, A., Escalona, H.E., Friedrich, F., Letsch, H., Liu, S., Maddison, D., Mayer, C., Misof, B., Murin, P.J., Niehuis, O., Peters, R.S., Podsiadlowski, L., Pohl, H., Scully, E.D., Yan, E.V., Zhou, X., Ślipiński, A., Beutel, R.G., 2019. The evolution and genomic basis of beetle diversity. PNAS 116, 24729–24737.

[Mehr]

Vasilikopoulos, A., Balke, M., Beutel, R.G., Donath, A., Podsiadlowski, L., Pflug, J.M., Waterhouse, R.M., Meusemann, K., Peters, R.S., Escalona, H.E., Mayer, C., Liu, S., Hendrich, L., Alarie, Y., Bilton, D.T., Jia, F., Zhou, X., Maddison, D.R., Niehuis, O., Misof, B., (2019): Phylogenomics of the superfamily Dytiscoidea (Coleoptera: Adephaga) with an evaluation of phylogenetic conflict and systematic error. Molecular Phylogenetics and Evolution. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2019.02.022

[Mehr]

Wipfler B, Letsch H, Frandsen PB, Kapli P, Mayer C, Bartel D, Buckley TR, Donath A, Edgerly-Rooks JS, Fujita M, Liu S, Machida R, Mashimo Y, Misof B, Niehuis O, Peters RS, Petersen M, Podsiadlowski L, Schütte K, Shimizu S, Uchifune T, Wilbrandt J, Yan E, Zhou X, Simon S (2019) Evolutionary history of Polyneoptera and its implications for our understanding of early winged insects. Proceedings of the national Academy of Sciences 116: 3024-3029

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2018

Peters, R.S., Niehuis, O., Gunkel, S., Bläser, M., Mayer, C., Podsiadlowski, L., Kozlov, A., Donath, A., van Noort, S., Liu, S., Zhou, X., Misof, B., Heraty, J., Krogmann, L., (2018): Transcriptome sequence-based phylogeny of chalcidoid wasps (Hymenoptera: Chalcidoidea) reveals a history of rapid radiations, convergence, and evolutionary success. Molecular Phylogenetics and Evolution. 120, 286–296. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.12.005

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Pauli, T., Burt, T., Meusemann, K, Bayless, K,. Donath, A., Podsiadlowski, L., Mayer, C., Kozlov, A., Vasilikopoulos, A., Liu, S., Zhou, X., Yeates, D., Misof, B., Peters, R.S., and Mengual, X. (2018): New data, same story: phylogenomics does not support Syrphoidea (Diptera: Syrphidae, Pipunculidae). Systematic Entomology 43(3), 447–459.

[Mehr]

Documents:

2018_syrphoidea.pdf

Seiten

Arbeit

seit 05/2011
Wissenschaftlicher Mitarbeiter am ZMB, ZFMK, Bonn, Deutschland.

11/2007 - 04/2011
Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Professur für Bioinformatik, Universität Leipzig, Deutschland.

09/2006 - 12/2006
Studentische Hilfskraft am TBI, Universität Wien, Österreich.

10/2005 - 09/2006
Studentische Hilfskraft an der Professur für Bioinformatik, Universität Leipzig, Deutschland.

05/2005 - 12/2005
Studentische Hilfskraft am Institut für Informatik, Universität Leipzig, Deutschland.

Studium

11/2007 - 05/2011
Doktorand an der Professur für Bioinformatik, Universität Leipzig, Deutschland. Titel der Dissertation: "Molecular Morphology - Phylogenetically Informative Characters Derived from Sequence Data ."

04/2007 - 10/2007
Diplomand an der Professur für Bioinformatik, Universität Leipzig, Deutschland. Titel der Diplomarbeit: "Tracing the TIRs - Expanding the repertoire of known TIR domain containing proteins."

09/2002 - 10/2007
Diplomstudium Informatik (Schwerpunkt Bioinformatik), Universität Leipzig, Deutschland.

Stipendien

10/2006 - 12/2006
EU COST (European Cooperation in Science and Technology)-Action D27 STSM (Short Term Scientific Mission).

Beratungstätigkeiten

seit 06/2012
Mitglied im Wissenschaftlichen Beirat von ecSeq Bioinformatics.

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2022

DeRGA - Deutscher ReferenzG...

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Evolution der Dexiarchia

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Immunbiologie der marinen…

Blattkäfer - Chrysomelidae

MITOS

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