Das Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels

ist ein Forschungsmuseum der Leibniz Gemeinschaft

Statistische Phylogenetik & Phylogenomik

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Info

Die statistische Phylogenetik beschäftigt sich mit systematischen und statistischen Fehlern in der Phylogenie.

Bei der rekonstuktion phylogenetischer Bäume (Stammbäume) werden eine Reihe Modellannahmen über den Verlauf der tatsächlichen Evolution gemacht. Treffen diese Annahmen nicht zu, so ist die rekonstruktion des Stammbaums unsicher. Eine wichtige Aufgabe ist es Effekte die zur Rekonstruktion falschen phylogenetischer Bäume führen, zu erkennen und nachzuweisen.

Mitarbeiterinnen & Mitarbeiter

Wissenschaftlerin / Wissenschaftler, Festanstellung

Dr. Christoph Mayer

Sektionsleiter, Stellvertretender Datenschutzbeauftragter

Tel: +49 228 9122-403

E-Mail: c.mayer.zfmk [at] uni-bonn.de

Postdoktorandin / Postdoktorand

Dr. Lars Dietz

Tel: +49 228 9122-403

Fax: +49 228 9122-212

E-Mail: ldietz [at] uni-bonn.de

Doktorandin / Doktorand

Marie Valerie Brasseur

Fax: +49 228 9122-212

E-Mail: M.Brasseur [at] leibniz-zfmk.de

Nikita Kulikov

PhD Student

E-Mail: nkulikov [at] leibniz-lib.de

Masterkandidatin / Masterkandidat

Didem Cifci

Masterstudentin in der Bioinformatik, Tutorin im Kurs: Theory and practice of phylogenetic systematics, Studentische Hilfskraft in der Biodiversitätsinformatik

Tel: +49 228 9122-421

Fax: +49 228 9122-212

E-Mail: s6dicifc [at] uni-bonn.de

Bachelorkandidatin / Bachelorkandidat

David Renz

Bachelor-Student

Fax: +49 228 9122-212

E-Mail: drenz [at] hs-koblenz.de

Fabienne Staubi

BSc Studentin

E-Mail: fabi.staubi [at] web.de

Projekte

2022

Untersuchung der genomischen und transkriptomischen Signaturen des globalen Wandels in einer marinen Fischart in Raum und Zeit

DFG Projekt in Kooperation mit Prof. Henrik Krehenwinkel (Projektleiter), Projektleitung Bonn: Dr. Christoph Mayer

Projektleitung:

Dr. Christoph Mayer

2021

The impact of mutualistic and parasitic life histories on butterfly diversification in an increasingly arid world

Understanding the mechanisms leading to diversification of species across time in a changing world remains a challenge. Africa was largely covered by forests until the middle Oligocene, when geological and climatic changes led to increasing aridification of the landmass. The current, iconic savanna and grassland ecosystems did not become well-established until around 8 million years ago. The effect of this increasing aridification on diversification has not been well-studied in animals, and especially not in insects.

Projektleitung:

Dr. Marianne Espeland

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

2020

Quantifizierung von Effekten multipler landwirtschaftlicher Stressoren auf Fließgewässer-Wirbellose und Ökosystemfunktionen über genomische Methoden

Der Verlust an Biodiversität nimmt rasant zu und hat nachteilige Folgen für Ökosystemfunktionen und -dienstleistungen. Hiervon sind in besonderer Weise Fließgewässer betroffen. Zu den wichtigsten Ursachen des Biodiversitätsverlustes in Fließgewässern gehören landwirtschaftliche Stressoren, wie z.B. Pestizide. Pestizide sind allerdings selten alleiniger Stressor, sondern wirken oft zusammen mit anderen Stressoren wie z.B. einem gesteigerten Feinsedimenteintrag aus Ackerflächen. Interaktionen solch multipler Stressoren können zu komplexen nichtlinearen Stressantworten führen.

Projektleitung:

Dr. Christoph Mayer

2018

Evolution der polyneopteren Insekten

Polyneoptera ist eine der vier Großgruppen der geflügelten Insekten und besteht aus elf traditionellen Ordnungen wie den Heuschrecken (Orthoptera), den Ohrkneifern (Dermaptera) oder den Schaben (Blattodea). Die Verwandtschaftsverhältnisse zwischen diesen Teilgruppen und damit auch wichtige evolutive Erergnisse wie zum Beispiel der Ursprung von Sozialverhalten, Habitatpräferenzen oder morphologische Anpassungen sind vollkommen ungeklärt. In dem hier vorgestellten Projekt wird durch eine Kombination von phylogenomischen Analysen und detailierten phenotypischen Daten das erste umfassende Bild der Evolution der polyneopteren Insekten entworfen.

Projektleitung:

Dr. Benjamin Wipfler

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

SPP Taxonomics

Projektleitung:

Dr. Dirk Ahrens

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

2017

Sequencing museum material

In this project we investigate how we efficiently can use old, dried, museum materil for phylogenomic studies. A hybrid enrichment kit for Lepidoptera is being designed and first test are promising, indicating that hundreds of genes can be successfully seqeunced for over 130 year old material.

Projektleitung:

Dr. Marianne Espeland

Finanzierung:

Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig

2013

BaitFisher

Bei der Hybrid Enrichment Methode werden sogenannte Sonden oder Baits verwendet um z.B. in genomischer DNA bestimmte Gene anzureichern. Siehe z.B. Mayer et al. 2016 für eine Einführung.Das BaitFisher und BaitFilter Programm wurden entwickelt um Sonden/Baits zu generieren. Die Methode hat sich als ausgesprochen erfolgreich herausgestellt und wurde bereits in Zahlreichen Projekten am ZFMK aber auch darüber hinaus angewandt.

Projektleitung:

Dr. Christoph Mayer

2012

Identification of Sources of Error in Molecular Phylogenetic Analyses

Projektleitung:

Dr. Patrick Kück

1KITE: Die Evolution der Insekten

1KITE ist ein internationales Forschungsprojekt, das die Evolutionsgeschichte der Insekten versucht in bisher nicht dagewesenem Umfang nachzuzeichnen. Ein wesentliches Ziel dieses Projektes ist die Rekonstruktion des Stammbaums der Insekten. Ein solcher ist Voraussetzung, um die mannigfaltigen Anpassungen der Insekten an ihre Umwelt im Laufe der Erdgeschichte besser verstehen zu können. Darüber hinaus können die gewonnenen Erkenntnisse aber auch für die Entwicklung von neuen Arzneimitteln oder Schädlingsbekämpfungsmitteln von großer Bedeutung sein. Zu diesem Zweck ist es vorgesehen, bis Ende…

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

2011

i5K-Initiative

Im Jahre 2011 wurde von Wissenschaftlern die internationale i5K-Initiative ins Leben gerufen (Robinson et al. 2011). Die Initiative verfolgt das ehrgeizige Ziel, innerhalb der kommenden fünf Jahre die Genome von 5.000 Insektenarten zu sequenzieren und zu analysieren.

Projektleitung:

Prof. Dr. Bernhard Misof

2009

Das Vermächtnis der Südozeanischen Vergangenheit

Projektleitung:

Dr. Christoph Mayer

Finanzierung:

Deutsche Forschungsgemeinschaft

Publikationen

Publiziert in

2013

DAMBACH J., RAUPACH M.J., MAYER, C. SCHWARZER, J. and LEESE, F. (2013) Isolation and characterization of nine polymorphic microsatellite markers for the deep-sea shrimp Nematocarcinus lanceopes (Crustacea: Decapoda: Caridea) BMC Research Notes 2013, 6:75

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Wissenschaftlerin / Wissenschaftler, Festanstellung

Postdoktorandin / Postdoktorand

Doktorandin / Doktorand

Masterkandidatin / Masterkandidat

Bachelorkandidatin / Bachelorkandidat

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