Utilities
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Alle gelisteten Tools erfordern das Perl Package
Alicut
Alicut benutzt die Ausgabe von der Software Aliscore und entfernt Alignment-Regionen die von einem zufaelligen Alignment nicht unterschieden werden können. Gepaarte Positionen (sogenante stems) koennen berücksichtigt werden, wenn als erste Sequenz im Alignment eine Klammer-Punkt (dot-bracket) Struktur geliefert wird. Klammern bezeichnen gepaarte, Punkte ungepaarte Positionen.
Alicut wird nicht laenger unterstützt.
Countbrackets
konvertiert eine "dot-bracket" Struktur in eine Liste gepaarter und ungepaarter Positionen. Dies kann beispielweise genutzt werden, um Sekundärstruktur-Information für das Programm MrBayes zu liefern. Input ist eine einfache Textdatei (erstellt mit einem Editor wie zum Beispiel Notepad++. Die textdatei darf lediglich die dot bracked Struktur enthalten (einzeilig).
Benutzung: perl countbrackets.pl FILE
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