Diptera (Zweiflügler wie Fliegen und Mücken)
Es befinden sich rund 300.000 Exemplare von mehr als 7000 Arten, einschließlich Typenmaterial, in der Sammlung. Die meisten Individuen sind genadelt, aber es gibt auch eine große Alkoholsammlung, die vorwiegend Tipulidae und Limoniidae beinhaltet (B. Mannheim). Die Sektion beherbergt außerdem die folgenden Spezialistensammlungen: Phoridae (H. Schmitz, E. Beyer, E. Baumann, H. Ulrich), Tipuloidea (B. Mannheims, H. Mendl), Blephariceridae (B. Mannheims, S. Kitakami), and Sciaridae (F. Lengersdorf - in Langzeitleihe bei F. Menzel vom Deutschen Entomologischen Institut, Müncheberg). Die Diptera-Sammlung des ZFMK beinhaltet ausserdem große Teile des Materials aus Fujian (China), das von J.F. Klapperich gesammelt wurde, sowie die größte Fossiliensammlung der Dolichopodidae in Bernstein der Welt (H. Ulrich).
Die Sammlung bietet umfangreiches Typenmaterial von mehr als 1320 Typen, von denen 780 Holotypen sind. Die Phoridae-Sammlung von Schmitz und Beyer enthält 453 Typen, von denen 152 Holotypen sind.
Während wichtige Teile der Sammlung aus dem Orient, der Neotropis und den Afrotropischen Regionen stammeln, liegt unser Fokus vorranging auf der westlichen Paläarktischen Region. Zusätzlich zu unseren eigenen Stücken lagern wir auch die Sammlungen des Kölner Zoos, sowie des ehemaligen Fuhlrott Museums in Wuppertal.
Die Digitalisierung der Sammlungsstücke ist derzeit noch nicht abgeschlossen. Es werden dafür 2D-Barcodes mit sowohl für Menschen als auch Computer lesbaren Teilen verwendet. Das Computerprogramm "Diversity Workbench" wird zur Integration aller Informationen der Sammlung, der sogenannten Biobank und anderer molekularer Quellen genutzt, um den Datensatz schlussendlich via GBIF zugänglich zu machen.