Clas M. Naumann-Bau: Ersatz- und Erweiterungsbau
Schon in den 1960er Jahren gab es erste Planungen für einen Neubau, die jedoch nie realisiert wurde. Ende März 1993 erhielt Prof. Dr. C.M. Naumann, der damalige Direktor, einen Ruf auf eine C4-Professur nach München, verbunden mit der Leitung der Zoologischen Staatssammlung. In der Folge führte er mit den zuständigen Ministerien in Düsseldorf "Bleibeverhandlungen", zu denen auch die Forderung nach einem Neubau zählt.
Am 15.12.1993 beschloss der Landtag NRW mit der Verabschiedung des Haushalts 1994, für das ZFMK einen Bautitel einzustellen, mit dessen Hilfe die Vorplanungen für einen "Ersatz- und Erweiterungsbau" begonnen wurden. Das erste Raumprogramm umfasste 1800 m². Die Abbruchgenehmigung für das "Montagehaus" wurde am 24.05.1994 vom Regierungspräsidium Köln erteilt.
Im Frühjahr 1994 lehnte Prof. Dr. C.M. Naumann den Ruf nach München ab.
Das Ministerium für Wissenschaft und Forschung NRW genehmigte am 30.08.1995 den endgültigen Raumplan für den Neubau (1486 m² Nutzfläche, Außenmaße 30 x 27 m, Höhe 13 m, Bibliothek 383 m², Sammlungsräume je 232 m²). Vorgesehener Baubeginn war 1997.
Im Sommer 1995 wurden bei Reparaturarbeiten an der Elektrik der Schausammlungs-Vitrinen massive und äußerst ernst zu nehmende Schäden an der Installation festgestellt. Darauf wurden im Februar 1996 vom Wissenschafts-, vom Finanz- und vom Bau-Ministerium des Landes NRW Sofortmaßnahmen zur Grundsanierung des Altbaus beschlossen.
Im Sommer 1996 erbrachte eine weitere Begehung des "Montagehauses" durch einen vom Regierungspräsidium Köln beauftragten Sachverständigen, dass das Gebäude weiterhin überlastet sei und zukünftig jährlich begutachtet werden solle.
Mit der Grundsanierung des Altbaus wurde im 1997 begonnen, die Planungen für den Neubau wurden "für 3-4 Jahre" ausgesetzt (bis zur "Ausfinanzierung" der Grundsanierung). Im Januar 2002 wurden die Planungen für den Neubau wiederaufgenommen. Allerdings musste der Landtag von Nordrhein-Westfalen erneut über die Genehmigung beschließen.
Am 08.09.2003 begannen die Arbeiten an der Baugrube (zunächst für die archäologischen Grabungen). Prof. Dr. C.M. Naumann starb am 15.02.2004, einen Tag vor dem Beginn der Baustellen-Einrichtung. Die eigentlichen Bauarbeiten begannen am 01.03.2004. Das Direktorium des ZFMK beschloss am 05.03.2004 auf Anregung aus Mitarbeiterkreisen, den Neubau 'Clas M. Naumann-Bau' zu nennen.
Der Grundstein wurde am 15.04.2004 gelegt, das Richtfest wurde am 08.10.2004 unter Anwesenheit des damaligen Ministers für Städtebau und Wohnen, Kultur und Sport, Dr. Michael Vesper und der Bonner Oberbürgermeisterin Bärbel Dieckmann gefeiert. Im August 2006 bezogen die Arbeitsgruppe und Sammlungen der Abteilung Arthropoda, das Molekularlabor und die Bibliothek die neuen Räumlichkeiten.