Gebäude
Die Einrichtungen des Museum Koenig Bonn setzen sich aus Gebäuden, Tiergehegen und Parkanlagen zusammen, die zu unterschiedlichen Zeiten gebaut wurden und verschiedenen Funktionen dienten. Der Gesamtkomplex ist wegen seiner wissenschaftshistorischen Bedeutung denkmalgeschützt.
Am ältesten ist der südliche Gebäudeteil, die so genannte Koenig-Villa. Sie diente als Wohnhaus und beherbergte den Kern der Sammlungen von Alexander Koenig. Das heutige Gebäude ist jedoch jünger, da die Villa nach ihrer Zerstörung im Zweiten Weltkrieg auf den Grundmauern wieder aufgebaut wurde.
Nördlich der Villa schließt sich das alte Privatmuseum an, dessen Bau 1898 von Alexander Koenig beauftragt wurde. Es beherbergte hauptsächlich die umfangreichen Vogelsammlungen Koenigs.
1912 wurde das Ornithologische Museum um einen großzügigen Museumsbau erweitert. Das Hauptgebäude beherbergt noch heute die Ausstellung des Hauses und wurde nach umfangreicher Grundsanierung im Jahre 2003 wieder eröffnet.
Hinter dem Hauptgebäude, mit diesem durch einen gläsernen Tunnel verbunden, entstand ein neues Gebäude, nach seinem früheren Direktor Clas M. Naumann-Bau benannt. Es beherbergt die Arthropoden-Sammlungen, die Hauptbibliothek, Labore sowie Seminar- und Büroräume.
Villa des "Herrn Professor König"
Aus Anlass seiner Promotion an der Universität Greifswald und der Heirat mit Margarethe Westphal im Jahr 1884 erhielt Alexander Koenig von seinem Vater Leopold Koenig ein Wohnhaus an der Coblenzer Straße, das dieser bereits 1873 erworben hatte, zum Geschenk. Alexander bezog das bereits 1860 errichtete Gebäude nach umfangreichen Umbauten, zu denen auch die Anlage eines prachtvollen Villengartens mit Tiergehegen gehörte, der heute noch in leicht veränderter Form erhalten ist. In der "Villa des Herrn Professor König" war das gesamte Obergeschoss für Sammlungen reserviert.
Die Villa brannte 1944/45 nach Bombentreffern bis auf den Empfangsraum aus und wurde 1949 unter der Leitung von Rudolf Feld in einfacherer Form als Institutsgebäude wieder aufgebaut. Heute sind dort Teile der Wirbeltierabteilung untergebracht.
Das Ornithologische Museum
Nachdem die Sammlungen Alexander Koenigs durch umfangreiche Forschungsreisen stark angewachsen waren, ließ er 1898 einen 22 Meter langen und 12 Meter breiten, zweistöckigen Anbau an seine Villa als "Ornithologisches Museum" errichten. Die Pläne für das Museum fertigte der Bonner Baumeister Otto Penner an, der auch der Villa Leopold Koenig (heute: Villa Hammerschmidt) ihre bekannte Form gab. Der Museumsneubau war gegenüber der Villa um einige Meter zurückgesetzt und mit ihr durch ein gemeinsames Portal verbunden, auf dessen rechter Seite eine Löwenskulptur aus der Berliner Werkstatt von Christian Daniel Rauch aufgestellt wurde. Der Museumsneubau überragte die Villa in der Höhe und war von einer umlaufenden Sandsteinbalustrade mit aufgesetzten Reichsadlern gekrönt.
Der Museumsbau wurde 1900 fertiggestellt. Er nahm die gesamten ornithologischen Sammlungen sowie Wohnungen für Dienstpersonal auf. Vorbild für diesen Bau und dessen Inneneinrichtung war das Rothschild-Museum in Tring, das damals fachliche Standards setzte, die Alexander Koenig mit seinem Neubau übernahm.
Hauptgebäude
Mit dem von seinem Vater ererbten Vermögen plante Alexander Koenig, sein 1900 gebautes Ornithologisches Privatmuseum um ein "einheitliches großzügiges Museum" zu erweitern. Nach umfangreichen Grundstückskäufen wurde am 3. September 1912 der Grundstein zu dem Gebäude nach Plänen des Berliner Hofbaurates Gustav Holland gelegt. Architektonisches Vorbild war vermutlich das Museum für Naturkunde in Berlin. Die Ausführung des Rohbaus lag bei der Frankfurter Firma Philipp Holzmann. Als der Rohbau 1914 fertig war, wurde das Gebäude beschlagnahmt und als Lazarett für verwundete Soldaten des Ersten Weltkrieges eingerichtet und nach 1918 auch für Besatzungstruppen verwendet. Erst am 11. Februar 1926 wurde die Beschlagnahme des Gebäudes aufgehoben.
Durch die Folgen der Inflation hatte Koenig des größten Teil seines Vermögens verloren. Erst nach schwierigen Verhandlungen mit dem Preußischen Staat gelang es 1929, die Übernahme und Weiterführung des Instituts zu sichern. Am 13. Mai 1934 wurde das Museum feierlich eröffnet.
Grundsanierung Hauptgebäude (1998-2003)
Die Planung der Sanierung des Hauptgebäudes wurde durch das Architekturbüro Schommer, Bonn, durchgeführt. Die Bauleitung übernahm das Architekturbüro Kühnel BDA, Bonn. Die Bauaufgabe bestand darin, das Museum von Grund auf zu sanieren. Es galt, unter strenger Berücksichtigung denkmalpflegerischer Aspekte die gesamten haustechnischen Installationen zu erneuern und die vorhandenen Mängel hinsichtlich des Brandschutzes und der Flucht- und Rettungswege zu beseitigen. Alle Ausstellungsflächen wurden mit Eichenparkett belegt und erhielten eine neue Beleuchtung. Die linearen, abgehängten Leuchtkörper wurden jeweils in der Mitte der rechteckigen Kassettierungen der Decke angeordnet. Die speziell hierfür entwickelten Leuchten geben ein indirektes Licht ab und haben im unteren Bereich eine Stromschiene, um später mit einzelnen Strahlern differenziert auf die Ausstellungsobjekte eingehen zu können. Die teilweise abgerundeten hohen Sockelleisten aus Marmor wurden überarbeitet und ergänzt. Der größte Teil der Fenster wurde im alten Erscheinungsbild rekonstruiert. Die Fenster erhielten auf der Innenseite verschiebbare transluzente Flächenvorhänge aus hellem Stoff, die zusammen mit der neuen Verglasung die UV-Strahlung vermindern und den Eintritt des Tageslichts, dem die sehr empfindlichen Tierpräparate ausgesetzt sind, steuern. Die neue, sehr zurückhaltende Gestaltung umfasste ebenso die Ausbauten für das Foyer, hier insbesondere den Einbau einer gläsernen Windfanganlage und einer neuen Empfangstheke, sowie die Cafeteria und den Museumsshop. Entstanden ist ein neues altes Museum Koenig, diskret modernisiert und unauffällig verschönert.
Planung: Architekturbüro Schommer, Bonn
Bauleitung: Architekturbüro Kühnel BDA, Bonn
Bauherr: Bau- und Liegenschaftsbetrieb NRW, Bonn
Clas M. Naumann-Bau
Das Ministerium für Wissenschaft und Forschung NRW genehmigte am 30. August 1995 den endgültigen Raumplan für den Neubau. Vorgesehener Baubeginn war 1997. Im Sommer 1995 wurden bei Reparaturarbeiten an der Elektrik der Schausammlungs-Vitrinen massive und äußerst ernst zu nehmende Schäden an der Installation festgestellt. Darauf wurden im Februar 1996 vom Wissenschafts-, vom Finanz- und vom Bau-Ministerium des Landes NRW Sofortmaßnahmen zur Grundsanierung des Altbaus beschlossen.
Mit der Grundsanierung des Altbaus wurde im 1997 begonnen, die Planungen für den Neubau wurden "für drei bis vier Jahre" ausgesetzt (bis zur "Ausfinanzierung" der Grundsanierung). Im Januar 2002 wurden die Planungen für den Neubau wiederaufgenommen. Allerdings musste der Landtag von Nordrhein-Westfalen erneut über die Genehmigung beschließen.
Am 8. September 2003 begannen die Arbeiten an der Baugrube (zunächst für die archäologischen Grabungen). Prof. Dr. C.M. Naumann starb am 15. Februar 2004, einen Tag vor dem Beginn der Baustellen-Einrichtung. Die eigentlichen Bauarbeiten begannen am 1. März 2004. Das Direktorium des damaligen ZFMK beschloss am 5. März 2004 auf Anregung aus Mitarbeiterkreisen, den Neubau “Clas M. Naumann-Bau” zu nennen.
Der Grundstein wurde am 15. April 2004 gelegt, das Richtfest wurde am 8. Oktober 2004 unter Anwesenheit des damaligen Ministers für Städtebau und Wohnen, Kultur und Sport, Dr. Michael Vesper und der Bonner Oberbürgermeisterin Bärbel Dieckmann gefeiert.