Museum Koenig Bonn
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Sandra Meid

Biodiversitätsinformatik [18]
Tel: +49 (0)228 9122 424
Fax: +49 (0)228 9122 295
E-Mail: s.meid [at] leibniz-zfmk.de
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Projekte

2020

[22]

GBOL III: Dark Taxa [22]

The BMBF-funded GBOL, the German Barcode of Life initiative, has been run successfully over the last eight years. It delivered an operative DNA barcode reference library for German animals, fungi and plants. However, a significant proportion of insect taxa has so far been excluded from GBOL and merely all biodiversity research, because no or only very insufficient expertise and information are available that allow to get a grip on them. They are called “Dark Taxa”.
Abteilung/Sektion:
Hymenoptera [23], Diptera [24], Lehrstuhl Spezielle Zoologie [25], Theriologie [26], Biobank [27], Biodiversitätsinformatik [18], Direktion [28], Zentrum für Biodiversitätsmonitoring und Naturschutzforschung (zbm) [29], Abteilung Arthropoda [30], Metabarcoding [31], Verwaltung [32], ZFMK Internationale Graduiertenschule [33], Zentrum für molekulare Biodiversitätsforschung (zmb) [34]
Projektleitung:
Dr. Ralph S. Peters [35]
Finanzierung:
Bundesministerium für Bildung und Forschung

2012

[36]

ALISCORE - Masking of… [36]

Zufällige Ähnlichkeit der Sequenzen oder Sequenzabschnitte können phylogenetische Analysen oder die Identifikation von Gen-Homologien behindern.
Abteilung/Sektion:
Direktion [28], Lehrstuhl Spezielle Zoologie [25], Algorithmen-Entwicklung [37], Direktionsstab [38], Biodiversitätsinformatik [18]
Projektleitung:
Prof. Dr. Bernhard Misof [39]

2011

[40]

Morph·D·Base-Erweiterung [40]

In den letzten Jahren hat sich die morphologisch basierte Forschung an Organismen durch die sehr schnelle Etablierung neuer Methoden, wie der Röntgentomographie (μCT, SRμCT), der Laser Scanning Microscopie (cLSM), der Digitalisierung histologischer Schnittserien, etc., stark verändert. All diese Methoden erzeugen extrem große Datenmengen, die aufgrund ihres ungewöhnlich hohen Informationsgehaltes, von besonderem wissenschaftlichem Wert sind. Bisher existiert allerdings kein Repositorium für die dauerhafte Speicherung dieser Datenmengen.
Abteilung/Sektion:
Biodiversitätsinformatik [18]
Projektleitung:
Dr. Peter Grobe [41]
Finanzierung:
Deutsche Forschungsgemeinschaft
Publikationen
Format: 2022

2019

Lars Vogt, Roman Baum, Philipp Bhatty, Christian Köhler, Sandra Meid, Björn Quast, Peter Grobe, SOCCOMAS: a FAIR web content management system that uses knowledge graphs and that is based on semantic programming, Database, Volume 2019, 2019, baz067, https://doi.org/10.1093/database/baz067
[Mehr] [42]
Links:
DOI: 10.1093/database/baz067 [43]

2018

Baum, R., Grobe, P., Köhler, C., Meid, S., Quast, B., Vogt, L. (2018): Entry Life-Cycle with automatic Change-History & Provenance Tracking in collaborative Semantic Web Content Management Systems as implemented in SOCCOMAS. - Biodiversity Information Science and Standards 2: e26177.
[Mehr] [44]
Köhler, C., Baum, R., Grobe, P., Meid, S., Quast, B., Vogt, L. (2018): Using Semantics for morphological Descriptions in Morph•D•Base. - Biodiversity Information Science and Standards 2: e25535 .
[Mehr] [45]
Vogt L., Baum R., Köhler C., Meid S., Quast B., Grobe P. (2019) Using Semantic Programming for Developing a Web Content Management System for Semantic Phenotype Data. In: Auer S., Vidal ME. (eds) Data Integration in the Life Sciences. DILS 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 11371. Springer, Cham
[Mehr] [46]
Links:
SpringerLink [47]
Vogt, L., Baum, R., Köhler, C., Meid, S., Quast, B., Grobe, P. (2018): Using Semantic Programming for Developing a Web Content Management System for Semantic Phenotype Data
[Mehr] [48]

2017

Köhler, C., Baum, R., Batty, P., Grobe, P., Meid, S., Quast, B., Vogt, L. (2017): Semantic Annotations of Text and Images in Morph∙D∙Base. - Biodiversity Information Science and Standards 1: e14778.
[Mehr] [49]
Meid, S., Baum, R., Batty, P., Grobe, P., Köhler, C., Quast, B., Vogt, L. (2017): Developing a Module for Generating Formalized Semantic Morphological Descriptions for Morph∙D∙Base. - Biodiversity Information Science and Standards 1: e15141.
[Mehr] [50]
Meid, S., Baum, R., Bhatty, P., Grobe, P., Köhler, C., Quast, B., Vogt, L. (2017): SOCCOMAS: A Self-Describing and Content-Independent Application for Semantic Ontology-Controlled Web-Content-Management-Systems. - Biodiversity Information Science and Standards 1: e20033
[Mehr] [51]

2014

Kück P, Meid S, Groß C, Wägele JW, Misof B (2014): AliGROOVE – visualization of heterogeneous sequence divergence within multiple sequence alignments and detection of inflated branch support. BMC Bioinformatics 15: 294.
[Mehr] [52]
Links:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-15-294 [53]

2012

MEID, S., GROBE, P., VOGT, LARS (2012) Ontology-based Image Annotation in Morph-D-Base
[Mehr] [54]
MEID, S.A., MISOF, B., MAYER, C., HOLLAND B.R. (2012) Taking a more detailed look at model adequacy: residual diagnostics for phylogenetics
[Mehr] [55]

2011

REUMONT, B.M. VON, MEID, S., MISOF, B. (2011) Aspects of quality and project management in analyses of large scale sequencing data. In: Akyar, I.: Wide spectra of quality control, INTECH Open Access Publisher ISBN 9789533076836: http://www.intechopen.com/artic
[Mehr] [56]

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